زندان گوانتانامو
از دهه ۱۹۷۰ به بعد، پايگاه دريايي خليج گوانتانامو براي اسکان پناهندگان هاييتيايي و کوبايي به کار مي‌رفت. اين مساله تا دهه ۹۰ ادامه داشت اما در آن دهه، قاضي استرلينگ يوهانسون جونيور حکم به غيرقانوني بودن اين فعاليت‌ها در آن منطقه داد و نتيجتا در اواخر سال ۹۵ تمام پناهندگان هاييتيايي، مجبور به ترک گوانتانامو شدند. اما گوانتانامو بار ديگر و از سال ۲۰۰۲، به دستور بوش و براي نگهداري زندانياني که در افغانستان و عراق دستگير مي‌شدند، آغاز به کار نمود. اين زندان، تحت‌نظر پايگاه نيروي دريايي آمريکا و واقع در خليج گوانتانامو است. گوانتانامو داراي سه اردوگاه به نام‌هاي: اردوگاه دلتا (که شامل اردوگاه اکو نيز مي‌شود)، اردوگاه ايگوآنا و اردوگاه اشعه ايکس مي‌باشد که ديگر تعطيل شده است. البته براساس گزارش آسوشيتدپرس، اردوگاه ديگري نيز به نام اردوگاه شماره هفت وجود دارد که بيشترين ملاحظات امنيتي در مورد آن اعمال مي‌شود و در موارد خاص از آن استفاده مي‌شود.
به طور خلاصه مي‌توان به شکنجه‌هايي همچون موارد زير اشاره کرد: محروميت از خواب، اعمال محدوديت‌هاي طولاني، گرسنگي دادن‌هاي بسيار، شکنجه از طريق زخم‌هاي زندانيان، کثيف نگاه داشتن زنداني و سلول وي، ضعيف کردن رواني و فيزيکي زنداني، وابسته کردن زنداني به بازجوي خود، رساندن زنداني به درجات حيواني و غيره.
موضوع بسته شدن گوانتانامو – که يکي از وعده‌هاي انتخاباتي اوباما بود – همچنان نقل محافل سياسي و حقوق بشري باقي مانده است. در روز ۷ ژانويه سال ۲۰۱۱، اوباما لايحه دفاعي خود را ارائه کرد و در آن پيش‌بيني شده بود تحويل زندانيان محبوس در گوانتانامو به کشورهاي مادر و يا هر کشور ديگري با محدوديت جدي روبرو گردد و اين خود عملا به معناي پايان اميد‌ها براي بسته شدن اين زندان به شمار مي‌آمد.
زندانهاي مخفي سيا نيز از جمله بحث‌برانگيز‌ترين زندانهاي آمريکا هستند. اين زندانها که موسوم به «سايت‌هاي سياه» مي‌باشند، به آن دسته از زندانهايي که گفته مي‌شود که سيا در دوران بوش در نقاط مختلف جهان اداره مي‌کرد و در قالب طرح «جنگ با تروريسم» اقدام به آدم‌ربايي و شکنجه «مظنونين» در آنجا مي‌نمود. با اينکه هيچ کشوري وجود اين زندانها را در خاک خود نپذيرفت اما در ‌‌نهايت، در روز ۶ سپتامبر ۲۰۰۶، جرج بوش به وجود اين زندانها اعتراف نموده و اظهار داشت بسياري از زندانياني که در اين زندانها نگهداري مي‌شدند، به گوانتانامو انتقال يافته‌اند.
به نظر مي‌رسد عليرغم تبليغات گسترده دولت آمريکا براي نشان دادن خود به عنوان يک کشور حامي حقوق بشر، استفاده از چنين زندانها و تاسيسات محرمانه‌اي، در اولويت برنامه‌هاي دولت اين کشور قرار دارد و عليرغم فشار گسترده گروه‌هاي حامي حقوق بشر، آمريکا به هيچ وجه قصد ندارد اينگونه فعاليت‌هاي خود را متوقف کند.