پس از انقلاب فرهنگي و تعطيلي دانشگاهها، سروش با معرفي شهيد دکتر بهشتي و تاييد حضرت امام(ره) عضو ستاد انقلاب فرهنگي شد و تا سال ۱۳۶۲ که اين ستاد منحل شد عضو آن ماند. وي بعدا که از سوي طيفهاي تندرو اصلاحطلب و نيز اپوزيسيون خارجنشين به دليل حضور در اين ستاد (که به زعم آنان موجب اخراج استادان مبارز از دانشگاهها گرديد) مدعي شد که در اين ستاد کارهاي نبوده است و دخالتي در تصميمات آن نداشته و هيچ مسئوليتي را در اين زمينه متوجه خود نميداند!
در سال ۱۳۶۰ سروش با استفاده از فلسفه تحليلي، که در ايران کمتر مورد توجه قرار گرفته بود، به نقد مارکسيسم ادامه داد. بعدها و از همين رويکرد براي نقد اسلام استفاده کرد. نقد اسلام و به طور کلي نقد دين، مقولهاي است که هم در سير تفکر غربي (بعد از رنسانس) مطرح شده (و نتيجه آن رويگرداني از دين و معنويت و تقليل دين به امري انساني بوده) و هم در تفکر مارکسيستي. بنابراين ميتوان دريافت که عوض شدن اعتقادات سروش در طي اين سالها ضربتي و دفعتي نبوده بلکه برخاسته از همان آموزشها و آموزههايي بوده است که از غرب گرفته. به عبارت ديگر، او به دلايل مختلف و قابل بحث، نتوانسته مباني اعتقادي اوليه خود را در برابر سيل انديشههاي غربي حفظ کند و به تدريج تسليم آن افکار و انديشهها شده است.
رويکرد انتقادي او به دين اسلام، با انتشار کتاب «دانش و ارزش» اندکي آشکارتر و قابل تشخيص شد و افراد هوشمندي که نوشتههاي او را دنبال ميکردند در اين کتاب متوجه تغييراتي در اعتقادات سروش شدند. وي در کتاب تفرج صنع از علوم انساني دفاع کرد و از «وحشي و بيوطن بودن علم» سخن گفت و مدعي شد که علم ايراني و غربي يا اسلامي و مسيحي نداريم. هدف او از طرح اين بحث آن بود که با روند اسلامي کردن علوم انساني مقابله کند. سروش در اين راستا از انقلاب آموزشي سخن به ميان آورد و گفت: انقلابها به اراده و اختيار نيستند و نميتوان «انقلاب کرد» بلکه «انقلاب ميشود».
اين ادعاها باعث واکنش نيروهاي مسلمان متخصص شد و مقالاتي عليه او و نظراتش در نشريات مختلف منتشر گرديد.
مقالات «قبض و بسط تئوريک شريعت» در نشر «کيهان فرهنگي» از ارديبهشت ۱۳۶۷ تا خرداد ۱۳۶۹ منتشر شدند.
در اين مقالات او نظرياتي در مورد «معرفتشناسي دين» مطرح کرد که بر پايه آن دين از معرفت ديني جداست و دين اگرچه الهي و کامل است ولي معرفت ديني همانند ديگر معرفتهاي آدمي که معروض به خطا هستند نيست. اين نظريه شناخت سنتي از دين را منسوخ اعلام ميکرد و مخالفتهاي گسترده فقها را در پي داشت. هدف سروش البته اين بود که موقعيت فقها را تضعيف کند تا زمينه براي مخالفت با اصل ولايت فقيه مهيا گردد زيرا او ولايت ديني و فقهي را با سرشت جهان جديد ناسازگار ميدانست. هدف گستردهتر او از اين مباحث آن بود که از دين در جامعه ايران بعد از انقلاب ايدئولوژيزدايي کند و با باور به عقل مستقل از وحي، عقل و تجربه را با رهيافتي معرفتشناسانه در کنار وحي بنشاند و کلام، اخلاق و عرفان ديني را در جايگاهي برتر از فقه بنشاند.
وي در کنار اين فعاليتها، فلسفه علم و فلسفه تاريخ را در دانشگاه تهران، دانشگاه بينالمللي امام خميني قزوين، دانشگاه مشهد، دانشگاه شيراز، دانشگاه تربيت مدرس و موسساتي چون «انجمن حکومت و فلسفه» تدريس ميکرد. اما در دوران رياست جمهوري هاشمي رفسنجاني از تدريس در دانشگاه محروم شد. در نامهاي به هاشمي هشدار داد که دانشگاهها در فشار شديد هستند و از اين دانشگاهها انتظار عالمان بزرگ نداشته باشيد. در مهرماه سال ۱۳۷۴ هنگام سخنراني در دانشکده فني دانشگاه تهران، دانشجويان مسلمان عليه او شعار دادند و او را مروج فرهنگ ليبرال و هموارکننده راه بيديني خواندند. از آن پس تدريس و سخنرانيهاي عبدالکريم سروش همواره با مشکل امنيتي مواجه بود. پس از آن او به اروپا و آمريکا رفت و در دانشگاههاي آمريکا، آلمان، هلند و ... در زمينههاي مولويشناسي، اسلامشناسي و فلسفه علم به تدريس پرداخت. با اين حال مقالات وي و مصاحبههايش به راحتي در نشريات داخل کشور منتشر ميشد.
او با موسسه تحقيق در اسلام معاصر در هلند همکاري داشت و در دانشگاه آمستردام فلسفه سياست در اسلام را تدريس کرد. سپس به آمريکا رفت و در دانشگاه کلمبيا کار تحقيقي کرد و بعد از آن براي تدريس به دانشگاه جرج تاون در واشنگتن رفت. وي از سال ۱۳۷۸ به تدريس در دانشگاههايي مانند هاروارد و پرينستون مشغول بوده است. در سال ۲۰۰۴ به خاطر نقد اسلام جايزه اراسموس آمستردام هلند را دريافت کرد و در سال ۲۰۰۹، مجله سياست خارجي (فارين پاليسي) وي را در ميان ۱۰ روشنفکر برتر جهان قرار داد در حالي که نوام چامسکي، الگور، برنارد لوئيس، اومبرتواکو، آمارتياسن، فريد زکريا، گري کاسپاروف و ماريو بارگاس يوسا در ردههاي پايينتر از او قرار گرفته بودند.