سروش در سالهاي دهه هشتاد خورشيدي با صراحت و تندي بيشتري اسلام و انقلاب اسلامي و ولايت فقيه را مورد حمله قرار داد و اين روند بعد از فتنه ۸۸ باز هم شدت بيشتري پيدا كرد.
او باورهاي تشيع را به چالش كشيد و برخي آموزهها و باورهاي شيعي را نفي كرد و مرجعيت شيعي را زير سوال برد و اتهاماتي ناروا و سخيف بر آن وارد كرد، ديدگاههاي غربي در خصوص دين را تبليغ نمود و مشروعيت جمهوري اسلا مي را زير سوال برد و به امام خميني(ره) و حضرت آيتالله خامنهاي و بسياري از علما و مسئولين كشور توهين كرد. با اين همه، او خود را مبلغ و مدافع اخلاق هم معرفي كرده است!
در مواضع سروش مهمترين موارد به انكار الهي بودن قرآن و نيز قابل نقد دانستن پيامبر و ائمه مربوط ميشود. بسياري از افراد اين گونه اظهارات او را ناشي از جهلش نسبت به دين ارزيابي كردهاند و وي را گرفتار پريشاني ذهن دانستهاند.
آرا و نظرات او برخلاف ظاهر مستدل و آكادميك؛ سست و بيپايهاند و يكي از دلايل طفره رفتن وي از مناظره با آيتالله مصباح يزدي همين است. برخي از مريدان و شاگردان وي نيز بر مسير او رفته و به انكار ضروريات دين و تبليغ رفتارهاي شنيع و انتساب اين رفتارها به قرآن و اسلام مبادرت كردهاند.
برخي از مراجع شيعه از عبدالكريم سروش به شدت انتقاد كردهاند. آيتالله جعفر سبحاني در يادداشتي با عنوان«انديشههاي عصر جاهلي در آيينه ادبيات پرآب و رنگ امروز» به اظهارات عبدالكريم سروش درباره قرآن واكنش نشان داده است و با طرح اين سوال كه «او با آن چهره نوراني و بيان شيرين، روزگاي مدرس نهج البلاغه بود، خطبه همام را به نحو دلپذيري تفسير ميكرد، چه شد كه از اين گروه اين همه فاصله گرفت؟ نظريات سروش باعث سست شدن ايمان جوانان ميشود.» وي اظهار اميدواري كرد كه سروش بار ديگر به «آغوش امت اسلامي» باز گردد. پاسخ سروش آغازگر مباحثي ميان طرفين در باب
قرآن شد.
آيتالله ناصر مكارم شيرازي در باب نظرات سروش نوشت: «به يقين اين گونه سخنان هيچ گونه سازگاري با متون اسلامي به خصوص قرآن مجيد ندارد و دانسته يا ندانسته جسارت عظيمي به قرآن مجيد و پيامبر عظيمالشان اسلام است و قداست قرآن را زير سوال ميبرد.» وي در پايان نوشت: «سروش لازم است از گفتههاي خود توبه نموده و عذر تقصير به پيشگاه خداوند و قرآن بياورد و براي جبران بكوشد.»
نظريههاي سروش پيش از اين نيز با اعتراض برخي جريانهاي مذهبي در ايران مواجه شده بود، اما برخلاف ساير منتقدان روحاني كه صرفا به انتقاد پرداختهاند، آيتالله حسين نوري همداني موضع تكفيري در مقابل سروش اتخاذ كرده است.
سروش بارها از سوي آيتالله مصباح يزدي دعوت به مناظره شده است اما همواره از پاسخ مثبت دادن به اين دعوت طفره رفته و بهانههايي نامعقول و غيرمنطقي را مطرح نموده است.
نظرات سروش منتقداني هم از پايگاه فلسفه غرب برانگيخته است، مانند محمدرضا نيكفر (فيلسوف پديدارشناس) و جواد طباطبايي (فيلسوف سياسي).
«عدم انسجام منظومه فكري عبدالكريم سروش»، «تكيه او بر ذاتباوري»، «درك ناراستش از مفاهيم بنيادي فلسفه سياسي» و نيز «الهيات مسيحي» از جمله انتقادات آنان است. گرچه سروش به انتقادات ناقدان سنتي و مذهبياش پاسخگو بوده است ولي حتي يك مقاله در پاسخ بدانها ننوشت.
عبدالكريم سروش، فقه را عامل مسائل و مشكلات سياسي، اقتصادي، فرهنگي و اجتماعي ايران جلوه داده است و اين موضوعي است كه حتي محسن كديور را به واكنش وا داشته است؛ هرچند همه اين افراد اختلاف ماهوي با سروش و نظراتش ندارند.
عبدالكريم سروش سالهاست كه از ايران رفته و در آمريكا زندگي و تدريس ميكند و همواره مورد حمايت مالي محافل ضد دين و ضد اسلام بوده است.
همكاري او با برخي موسسات تحقيقاتي اروپايي و آمريكايي اين گمان را تقويت ميكند كه وي روابط خاصي با دستگاههاي اطلاعاتي بيگانه داشته باشد.